با این که جایگذاری ایمپلنت هدایت شده توسط پروتز، بهترین راه برای تسهیل انتخاب اباتمنت، انتقال ایده آل نیرو و موفقیت دراز مدت است، ممکن است محدودیت های آناتومیک جراح را مجبور به تغییر زاویه ایمپلنت کند.

هنگامی که تحلیل استخوان سمت باکال اتفاق می افتد، برای دست یابی به زاویه ی مناسب قرار گیری ایمپلنت ممکن است نیاز به تغییر طرح درمان و انجام پیوند استخوانی باشد. با این حال، مناطق دیگری مانند تقعرهای لینگوالی را نمی توان با پیوند استخوان تصحیح کرد و تغییر زاویه یا نوع ایمپلنت تنها راه چاره است. یک مثال بارز از این محدودیت مربوط به ناحیه ی مولر اول مندیبل است. رادیوگرافی های پانورامیک و پری اپیکال تقعر های شدید احتمالی سمت لینگوال، که تنها با معاینات کلینیکی دقیق و یا تصویربرداری های کراس سکشنال مشخص می شوند را نشان نمی دهند. قرار دادن ایمپلنت هدایت شده توسط پروتز، احتمالاً خطر پرفوره شدن لینگوالی را در پی خواهد داشت. اگر وجود تقعر متحمل باشد، رادیوگرافی های دیگری از جمله توموگرافی معمولی یا سی تی اسکن، به همراه تمپلیت رادیوگرافی تشخیصی، می توانند دشواری وضعیت را نشان دهند و به دندانپزشک ترمیمی و جراح امکان دهند که به خوبی با هم همکاری کنند. 

معاینه کلینیکی دقیق به همراه استفاده از یک تمپلیت تشخیصی قرار گرفته در محل نیز می تواند موضوع را مشخص کند ولی استفاده از تصاویر رادیوگرافیک، برای تضمین موفقیت جراحی، تشخیص محدودیت های احتمالی و بحث و مشاوره راجع به طرح درمان، مناسب تر است.

متاسفانه محدودیت های آناتومیک اغلب حین جراحی یعنی زمانی که تصمیم گیری بسیار سخت تر است و امکان مشاوره وجود ندارد، مشخص می شوند. مناطق شایع دیگر با محدودیت های مشابه عبارتند از: قدام پره ماگزیلا و منطقه به شدت تحلیل رفته قدام مندیبل. یک تشخیص دقیق برای حذف محدودیت های آناتومیک، می تواند به وسیله یک طرح کامل که توسط راهنمای جراحی به محل جراحی منتقل شده، به دست آید.