اندوکاردیت باکتریایی، عفونت دریچه ها و یا سطح آندوتلیال قلب است. این وضعیت در نتیجه ی رشد باکتری ها بر روی سطوح آسیب دیده یا تغییر یافته ی آن ایجاد می شود. میکرو ارگانسیم هایی که بیش از همه با اندوکاردیت به دنبال درمان دندانپزشکی در ارتباط هستند استرپتو کوک ویردانس آلفا همولیتیک و به ندرت استافیلو کوک ها و بی هوازی ها هستند. این بیماری اختلال خطر ناکی است و میزان مرگ و میر آن حدود 10% است.

درمان های دندانپزشکی که باکتریمی موقت ایجاد می کنند علت اصلی ایجاد اندوکاردیت باکتریایی هستند. در نتیجه، دندانپزشک باید بیماران در خطر را شناسایی کند و درمان های پروفیلاکتیک را برای آن ها به انجام برساند. انجمن قلب آمریکا به تازگی توصیه نامه ی پروفیلاکسی آنتی بیوتیکی خود را برای پیشگیری از عفونت اندوکاردیت در درمان های دندانپزشکی اصلاح کرده است. راهنمای جدید بر اساس مطالعات علمی نشان می دهد که در بسیاری از بیماران خطر مصرف آنتی بیوتیک بیش از منافع آن است. خطر اثرات منفی استفاده از آنتی بیوتیک ها از ملایم تا واکنش های آلرژیک شدید همراه با پیدایش مقاومت باکتریایی تغییر می کند. به علاوه مطالعات منتشر شده ثابت کرده اند که در اکثریت بیماران خطر ابتلا به عفونت اندوکاردیتی از فعالیت های روزانه بیشتر از درمان های دندانپزشکی است. 

کسانی که به طور روتین در گذشته از پروفیلاکسی آنتی بیوتیکی استفاده کرده اند دیگر نیازی به این کار ندارند. هر چند که راهنمای جدید بیمارانی را که در معرض خطر شدید ابتلا به عفونت  اندوکاردیتی قرار دارند هدف قرار می دهد. ضایعات اکتسابی دریچه های قلب، نواحی ناهموار ایجاد شده در اثر نقائص سپتوم و دریچه های مصنوعی نیز خطر اندوکاردیت را افزایش می دهند. بیماران دارای دریچه های مصنوعی قلب با شیوع 4% در سال به اندو کاردیت مبتلا می شوند. بیماران با سابقه ی عفونت اندوکاردیت احتمال عود بالایی دارند. خطر عفونت دوباره ی هر بیمار با سابقه ی یک بار ابتلا به اندوکاردیت 10% در سال است. پس از عفونت دوباره، ریسک عود تا 25% افزایش می یابد.