در جراحی عمومی، از جمله در انواع غیر تخصصی، اصول پروفیلاکسی آنتی بیوتیکی کاملاً به تصویب رسیده است. دستورالعمل ها در زمینه ی روش درمان، نوع آنتی‌بیوتیک و دوزهای مصرفی کاملاً اختصاصی هستند.

در دندانپزشکی نیز استفاده از آنتی‌بیوتیک های پروفیلاکتیک برای جلوگیری از ایجاد عوارض در بیمارانی که در خطر ابتلا به اندو کاردیت عفونی و یا بیمارانی که دچار نقص سیستم ایمنی هستند به ثبت رسیده است. با این وجود در ایمپنتولوژی دهانی، توافقی در زمینه ی استفاده و موارد تجویز آنتی بیوتیک های پروفیلاکتیک وجود ندارد. صدماتی که با استفاده از آنتی بیوتیک ها همراه هستند عبارتند از ایجاد باکتری های مقاوم، اثرات جانبی نامطلوب و احتمال تحت تأثیر قرار گرفتن تکنیک جراحی. از این رو نیاز به تجویز آنتی بیوتیک های پروفیلاکتیک در بیماران سالم، نوع آنتی‌بیوتیک، دوز مصرفی و مدت زمان پوشش آنتی بیوتیکی همواره مورد بحث بوده است. به عبارت دیگر عفونت زخم پس از عمل جراحی می تواند تأثیر عمده ای بر حال عمومی بیمار و موفقیت درمان ایمپلنت داشته باشد. موارد ثبت شده از پیامدهای احتمالی عفونت از افزایش درد و تا حتی مرگ بیمار متغیرند. به گفته ی اسپوزیتو و هیرش یکی از دلایل اصلی شکست درمان ایمپلنت می تواند آلودگی باکتریایی به هنگام جایگذاری ایمپلنت باشد.

برای وقوع عفونت در زخم جراحی وجود یک توده ی پاتوژن اولیه لازم است تا بر دفاع بدن میزبان فائق آید و به باکتری ها اجازه ی رشد بدهد. این پروسه متغیرهای بسیار زیادی دارد که عبارتند از گوناگونی میزبان ها، محل بافت و فاکتورهای بیماری زای سیستمیک و میکروبی. در واقع می توان گفت که ثابت شده است که پروفیلاکسی ضد میکروبی کارایی و تأثیر قابل توجهی دارد.